《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
打败火巨人整整一年后，泰戈、卓锋、飞霓、托迪收到了来自战神学院的录取通知书。在进入战神学院之后，他们见证了超变战神的卓越能量。通过学院的培训，他们的个人实力和团队配合不断强化。隐藏在黑暗世界的恶龙军团在诅咒邪神的领导下妄想霸占整个世界。以泰戈为主导的超变勇者们在与恶龙军团大大小小的交战中收获了友情与希望，逐渐成长为超变战神，与武兽之间更加亲密默契。但和平是短暂的，生命力极强的恶龙将们到战神学院发动攻击，在出其不意地攻击下，校长和老师都接连倒下。祸不单行，封印中惊醒的诅咒邪神也向学院逼近。为了守护和平与正义，超变战神们和诅咒邪神展开了最终的生死决战。超变战神们可以守护世界和平吗？
